Hantuchová sinh tại Poprad, Tiệp Khắc (giờ là Slovakia) có cha là nhà khoa học máy tính Igor và mẹ là Marianna, một nhà độc dược học.[1]

Khi cha mẹ cô ly dị năm 2003, sức đánh của Hantuchová tạm thời xuống dốc.[2] Tại giải Wimbledon năm đó, cô đã không thể ghi điểm quyết định và đã khóc trên sân đấu[3][4][5][6]. Cô cũng gặp phải vấn đề về cân nặng trong thời kỳ đó.[7][8] Cô từng bị nghi mắc chứng biếng ăn[2][9] nhưng đã bác bỏ điều đó.[10]

Hantuchová nói được ba thứ tiếng (tiếng Slovak, tiếng Anh và tiếng Đức),[11] và được đào tạo để trở thành một nhạc công piano cổ điển.[2] Cô được coi là người của chủ nghĩa hoàn hảo và tự tạo rất nhiều áp lực khi tập luyện.[2] Cô từng đậu đại học ở Slovakia nhưng gác lại để tập trung vào quần vợt.

Cô xuất hiện trên tạp chí Sports Illustrated Swimsuit Edition năm 2009 cùng với Maria Kirilenko và Tatiana Golovin trong một bộ ảnh mang tên Volley of the Dolls.[12]